1.內參抗體
在 Western Blot 實驗中，可能存在總蛋白濃度測定不準確，或者蛋白質樣品上樣時因為操作等產生誤差；這些誤差可以通過測定每個樣品中實際轉到膜上的內參含量來進行校正。
內部參照即選取相同樣本中某個內源表達的蛋白作為參照。通常會選擇由管家基因編碼的蛋白 (Housekeeping Proteins) 作為內參，它們在各組織和細胞中的表達相對恒定，在檢測蛋白的表達水平變化可以作為一個穩定的參照物 ( 比如 GAPDH、β-Actin 等 )。
在 WB 實驗中，蛋白的表達情況是通過與抗體的結合而體現的，也就是說內參蛋白的選擇問題等同于內參抗體的選擇問題。
2.標簽抗體
在生物技術中，人們常利用 DNA 重組技術構建包含目的基因以及表位標記的融合蛋白，即標簽融合蛋白，再利用能特異性識別該標簽的抗體對其進行鑒定與純化。整個反應的原理是基于抗原 - 抗體反應，標簽抗體可以高度特異地結合對應的標簽融合蛋白。
融合標簽可以簡化蛋白質的純化過程、控制蛋白質固定的空間取向及方便檢測、使體內生物事件可視化、提高重組蛋白質的產量、增強重組蛋白質的可溶性和穩定性等。常用的標簽包括 Flag、His、myc、HA、GST、GFP 等。
標簽抗體可用于檢測或純化表達載體上的標簽序列，從而研究目標蛋白的表達水平與功能。標簽抗體現在已經成為基因表達和基因功能信號轉導等研究中的常用工具。
